ここではあくまで基本的な設定で解説しときます☆

cgiファイルは必ずcgi-binディレクトリ（又はcgi-bin以下に作成したサブディレクトリ)に入れてください。

ＣＧＩファイルの１行目（perlパス）を
#!/usr/bin/perl　に変更

パーミッションをそれぞれ変更（詳細は下記）

カスタム（改造）した場合は文法ミスが無いか確認（文法チェッカー使用推薦）

デフォルト（配布されたままの物にperlパスを変更しただけの物）を転送して正常に動くか確認。動いた場合はいじった所を確認する。

間違った転送モードで転送していないか確認

ＣＧＩはＨＴＭＬと違って「;」や「'」等が無いだけでエラーになる場合があるので改造する場合は十分注意して下さい。

---------- パーミッション設定 ----------
.cgi 705 (755) … 実行ファイル
.pl 606 (666) … 外部読み込みファイル（jcode.plなど）
.dat または .log 606 (666) … ログファイル（書き込みとかを記録するファイル）
ディレクトリ (755) … 一般的に言うフォルダ
-----------------------------------
これで大抵動くと思います。動かない場合は（）内の数値でチャレンジしてみて下さい。
またape boardのパーミッション等はこちらも参考に

index.html
　　 └/apecbordplus/ 【755】
　　　　　　｜　apeboard_plus.cgi 【705】
　　　　　　｜　xxxxxxxx.dat【606】 （必ず名前を変更しましょう）
　　　　　　｜　apeboardp_mt.cgi 【705】
　　　　　　｜　boardini.cgi 【606】
　　　　　　｜　skinini.cgi 【606】
　　　　　　｜　jcode.pl 【606】
　　　　　　｜　apeskin.html 【644】
　　　　　　｜　res_file.html 【644】
　　　　　　｜　write.html　 【644】
　　　　　　└/img/ 【755】
　　　　　　　　　このフォルダ内の全ての画像ファイル【644】

上記パーミッションに限らず実行権は少なくが基本です
他のパーミッションで動けば報告を☆（少ない属性で）

---------- エラーの種類と原因 ----------
# ５００エラー
ＣＧＩファイル（またはディレクトリ）のパーミッションが違う→もう一度確認
ＣＧＩファイルの１行目（perlパス）が違う　→　#!/usr/bin/perl　に変更
ＣＧＩファイルの文法がおかしい→文法チェック

# ４０３エラー
ＣＧＩファイルのパーミッションが厳し過ぎる→パーミッションの数値を大きくする

# ４０４エラー
ファイルがサーバーに無い→アドレスの確認とファイルをアップしているか確認
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他にもありますが主な原因だけ（追加情報募集中）

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余談ですが、ＣＧＩの中にはファイルを自動作成する機能がある物があります（過去ログ等）。その場合にはそのパーミッションが６６６で作成するようになっているスクリプトが多いです。気になる場合は修正して下さい。

ＣＧＩ配布元及びどのＣＧＩの質問か明記
それとスキンの配布元も忘れずに書いて下さいね☆

何故なら回答者が設置テスト出来る環境が欲しいからです。それと
その方が回答も早いと思いますよ☆同じＣＧＩの設置に成功してる
方からの回答も期待出来ると思いますしね☆

・ スキンはまず2apesさんについていたスキンを使う
→本体とスキンどっちが悪いのかを判断するため。

・ cgi内の修正を最小限にする
→#とか ’ を誤って消してしまう可能性を考慮して。#!/usr/local/bin/perlを直すだけでもちゃんと動きます。

スキンは配布されているものによって呼び出すアドレスが変わりますし、何よりも動かなかったときにスキンと本体どっちが悪いのかが判断できません。なので面倒ですが最初は付いていたスキン＆最小限の修正でアップされてはいかがでしょうか？　

修正したときに起こり易いミス

・●●.datがオープンできません
　　　　dat名を変えた方によくある失敗。
　　　　Datファイル名を変えた場合はboardini.cgi　の# データファイルの場所の指定 $datafile = './apeboard.dat';も変更する

　・何度もパスワード入力画面が出てきてしまう
　　　　書き込む前にapeboard_plus.cgiにアクセスしてパスワードを入力しましたか？
　　　　Datをもう一度サーバーに送りなおしてからapeboard_plus.cgi にアクセスする

　・sendmail機能が使えない
　　　　通信ネットでは利用出来ません

　・管理画面でレスをするとアイコンが出てこない
　　　master.gifという画像が管理人専用アイコンになります。見当たらない場合は配布サイトさんに確認を。
　　　又は通常画面にある管理人用アイコンをコピーしてmaster.gifと名前変更する。
　　　画像があるのに表示されない場合×印の上でクリック→プロパティで画像アドレスを確認する。

　・書き込みを削除しようとしたら「メッセージが入力されていません」と出た。
　　テキストエディタで削除用チェックボックスが<name="target">になっているかを確認する。

これは私にも回答できる！と思われる方は
初心者の方でも積極的に回答されて下さい☆
ご自身のスキルアップにも大いに役立つと思います。
例え間違った回答をしても他の方のレスで勉強できると思われます

中・上級者様へ御願い
初心者の方が例え間違った解答をされても叩いたり間違いを馬鹿にするような
レスは遠慮下さいませ≦(._.)≧ ペコ
間違いを正す事は大切ですが人格攻撃等は、その方の為にはなりませんので。